胃肠炎：胃肠炎是胃和肠道的一种炎症，可以引起婴儿、儿童和成人的腹泻。胃肠炎很常见，可以由很多不同的病毒引起。最常见的病原是轮状病毒，由于腹泻住院的小朋友中有一半是感染了这种病毒，好发于秋末冬初。
细菌感染：严重腹泻同时有腹痛、血便、发烧，往往是病毒或细菌引起的。这种感染有些是可以自愈的，但有些也可能非常严重，比如由半生不熟的肉类里含有的大肠杆菌引发的感染。
寄生虫：寄生虫感染也可能引起腹泻。比如贾第虫病就是由一种寄生在肠道内的、要在显微镜下才能看到的寄生虫引起。集体生活时寄生虫很容易传播，而且需要特殊药物治疗。寄生虫主要是通过饮水进入婴儿体内，自来水经过楼顶水箱和输水管道等的存储和运输，容易造成二次污染，含有红虫、贾第鞭毛虫等各类寄生虫。
食物因素：喝太多果汁或太多含糖饮料也可能会使宝宝肚子不舒服，大便变稀。也可能是对牛奶过敏，这种情况也能引起腹泻，有时候还能引起呕吐。
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